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  • 彩色扫描电子凋亡细胞(粉红色)严重感染SARS-CoV的-2病毒颗粒(绿色)的显微照片。bt365手机app的研究人员正在使用蛋白相互作用的计算模型来设计能够结合冠状病毒蛋白质和穿梭他们进入细胞途径,打破下来的肽。

    彩色扫描电子凋亡细胞(粉红色)严重感染SARS-CoV的-2病毒颗粒(绿色)的显微照片。bt365手机app的研究人员正在使用蛋白相互作用的计算模型来设计能够结合冠状病毒蛋白质和穿梭他们进入细胞途径,打破下来的肽。

    信用:过敏和传染病研究所/ NIH

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实验肽靶covid-19

彩色扫描电子凋亡细胞(粉红色)严重感染SARS-CoV的-2病毒颗粒(绿色)的显微照片。bt365手机app的研究人员正在使用蛋白相互作用的计算模型来设计能够结合冠状病毒蛋白质和穿梭他们进入细胞途径,打破下来的肽。

计算模型得出,可以结合到冠状病毒刺突蛋白和摧毁他们的蛋白质片段。


记者联系

萨拉·麦克唐纳
电子邮件: s_mcd@mit.edu
电话:617-253-8923
bt365手机app新闻办公室

在这篇文章中介绍了这项研究已发表了预印本服务器上,但尚未经过同行审查的科学或医学专家。

使用蛋白相互作用的计算模型,研究人员在bt365手机app媒体实验室和中心比特和原子设计了可以绑定到冠状病毒蛋白质和穿梭他们肽进入细胞途径,打破他们失望。

研究人员表示,这种类型的肽可容纳因为这将阻止SARS病毒2型病毒感染细胞内复制自身治疗潜力。

“我们的想法是利用计算机技术来设计,可能是covid-19治疗的肽。一旦肽在细胞获得,它可以简单地标签,并降低病毒,说:”查特吉pranam,最近bt365手机app博士学位收件人和研究的主要作者。

研究人员在人类细胞中测试的肽,而现在他们正计划额外的细胞和动物研究,以进一步评估其疗效。他们报告了他们的初步调查结果的预印本上发布 bi要么xiv,网上预印本服务器,6月1日,并且还提交给一个同行评审期刊。研究生manvitha ponnapati和约瑟夫·雅各布森,在bt365手机app媒体实验室副教授,共同撰写的研究。

模拟肽

科学家正在寻求许多不同的战略来开发针对SARS冠状病毒-2新疗法。感兴趣的一个领域是开发抗体,其结合并灭活病毒蛋白如刺突蛋白,其冠状使用进入人类细胞。一个相关的方法是使用所谓的肽的抗体,而不是小蛋白片段。

MIT的研究小组着手,可以牢固地结合到细胞内的病毒刺突蛋白,并利用这些肽来触发细胞分解病毒蛋白肽工程师。他们的想法是让他们肽招募天然存在的蛋白质称为E3泛素连接酶,它可以标记蛋白的毁灭时,细胞不再需要他们。

产生的尖峰蛋白结合肽,研究人员利用蛋白质相互作用的计算模型,他们以前训练两种蛋白质之间的优化结合强度。查特吉和其他人最近使用过的类似的计算方法来设计用于被称为CRISPR基因组编辑技术,酶的改进版本。其 新CRISPR-cas9酶一起,可以靶向DNA序列的70%以上,而CRISPR-cas9仅达到约10%的最常用形式。

在这种情况下,研究人员使用作为其出发点的人ACE2蛋白,其的表面上发现 某些类型的人类细胞的 并结合到所述冠状病毒刺突蛋白。

他们用自己的模式打破ACE2成许多小片段,然后计算预测的片段将如何与刺突蛋白的相互作用。他们责成模型优化三个特点:第一,他们设计的肽具有对刺突蛋白强结合亲和力。第二,他们建立了肽能够很好地结合到其他冠状病毒刺突蛋白,希望它可以对工作冠状病毒过去和未来的菌株。第三,他们确保了肽不会强结合人类蛋白质被称为整合素,这是通常绑定到体内的ACE2受体蛋白质。

约25种的候选肽,其研究人员融合至E3泛素连接酶和在表示被称为受体结合结构域(RBD)的刺突蛋白的片段的人细胞中测试产生的这一过程。

最好这些候选人的,一个23个氨基酸的肽,打破了在细胞中的蛋白质RBD的20%。然而,这种肽不作为原始ACE2蛋白质,它打破了关于RBD蛋白的30%正常工作。以改善肽的性能,研究人员利用他们的模型来模拟如何,如果他们在每次23位取代不同的氨基酸及其RBD结合会受到影响。该优化过程产生的突变体肽提高了降解速率,以50%以上。

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这种肽的一个关键优点是它的小尺寸 - 即使当融合到E3泛素连接酶,整个链只有大约200个氨基酸的长度。研究人员设想,RNA或编码肽的DNA可以被称为腺相关病毒无害的病毒传递。

另一种可能性将是提供在其自身上的肽,允许其结合至细胞的冠状病毒刺突蛋白外和被带入与所述病毒的细胞。在这种情况下,病毒将被尽快进入细胞标记为破坏,查特吉说。

现在研究人员正在计划测试中感染了SARS冠状病毒2型病毒,它会出现在专业实验室的生物安全之外bt365手机app人类细胞的肽。如果这些试验成功,研究人员希望,以测试在动物模型中的肽。他们也正在进一步改善肽,使其能更牢固地结合的刺突蛋白。

这项工作是由bt365手机app媒体实验室的赞助商的支持财团,bt365手机app的中心位和原子,杰里米和Joyce韦特海默。


主题: 研究, 新冠肺炎, 媒体实验室, 建筑与规划学院, 药物开发, 生物工程, 大流行

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